Apple Payでの実際に決済をする場合はどのような手順になっているのでしょうか。
Appleが2014年9月10日に行われたスペシャルイベントの後に各メディアにデモをした動画から、その手順がわかってきました。

当初、一部のクレジットカードとデビットカードが対応し、iOSのPassbookアプリに各カードが登録されます。
iPhone 6とiPhone 6 PlusにはNFCが組み込まれており、このNFCと店舗のNFCが連携して登録したカードでの支払いが行われます。

店舗での支払い
店舗のNFCリーダーにiPhone 6を近づけると、Apple Payでデフォルト登録しているカードが表示され、指紋認証すると支払いが完了します。
支払いが完了すると、いくら支払ったのがの通知が来ます。
この支払いの履歴を見ることも可能です。

別のカードで支払いをしたい場合、iPhone 6をNFCリーダーに近づけるとPassbookが表示されるので、ここでカードを選び、指紋認証することで別のカードでの支払いが出来るようになります。

店舗でiPhoneだけで支払いをする
例えば、Apple Storeの実店舗へ行った際、Apple Storeを立ち上げ、事前にどう登録するのかは疑問ですが、店舗に置いてある商品のバーコードを読み取ると、商品情報が表示されます。
ここでApple Payで支払うかどうかを選ぶボタンが表示されるので、ここでApple Payの支払いを選択すると、指紋認証することで決済が完了します。

Apple Storeの実店舗では基本的にレジがなく、店員が持っている端末でクレジットカードの決済をしていましたが、Apple Payでの支払いでは店員の端末が不要になるようです。

オンラインでの支払い
オンラインで支払いする場合、各専用アプリを立ち上げ、利用したいサービスや購入したい商品を選択すると、Apple Payでの支払いが選択でき、ここで指紋認証をすることで支払いが完了します。